Vo štvrtok 13. mája 2004 bola v Prezidentskom paláci v Bratislave podpísaná Zmluva medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou o katolíckej výchove a vzdelávaní (Zmluva). Za Svätú stolicu Zmluvu podpísal apoštolský nuncius v SR Mons. Henryk J. Nowacki, za Slovenskú republiku prezident SR Rudolf Schuster. K podpisu tejto parciálnej zmluvy sa zmluvné stránky explicitne zaviazali v Základnej zmluve medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou, podpísanej 24. novembra 2000 vo Vatikáne. Zároveň s podpisom Zmluvy medzi Slovenskou republikou a Svätou Stolicou o katolíckej výchove a vzdelávaní, bola podpísaná Dohoda medzi Slovenskou republikou a registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami o náboženskej výchove a vzdelávaní (Dohoda). Za Slovenskú republiku Dohodu podpísali traja najvyšší ústavní činitelia, prezident SR Rudolf Schuster, predseda NR SR Pavol Hrušovský a predseda vlády SR Mikuláš Dzurinda. Za 11 cirkví a náboženských spoločností, ktoré sú účastníkmi dohody, text podpísali ich štatutárni zástupcovia. Prítomní boli aj predseda Konferencie biskupov Slovenska (KBS) Mons. František Tondra, podpredseda KBS a predseda Rady KBS pre katechizáciu a školstvo Mons. Rudolf Baláž, bratislavsko – trnavský pomocný biskup Mons. Stanislav Zvolenský, predseda Ekumenickej rady cirkví v SR (ERC SR) a generálny biskup Evanjelickej cirkvi a.v. na Slovensku Július Filo a ďalší predstavitelia cirkví a náboženských spoločností, minister školstva Martin Fronc a minister zahraničných vecí Eduard Kukan. Prezident SR Rudolf Schuster vo svojom príhovore poukázal na ekumenizmus, ktorý na Slovensku funguje a nie je len formálnou záležitosťou. Zdôraznil, že naša krajina je v oblasti ekumenickej spolupráce príkladom pre ostatné štáty. Poznamenal, že teraz je na predstaviteľoch cirkví, aby náležitosti, ktoré obsahujú Zmluva a Dohoda, aplikovali do života spoločnosti. Podľa ministra školstva Martina Fronca je podpísanie týchto právnych dokumentov významnou udalosťou, ktorá vojde do novodobej histórie tejto krajiny. Podpísaním týchto textov sa vytvára priestor pre lepšie spolunažívanie ľudí.
Ako uviedol apoštolský nuncius v SR Mons. Henryk J. Nowacki, podpísanie Zmluvy medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou o katolíckej výchove a vzdelávaní, deklaruje dobré a konštruktívne vzťahy medzi Svätou stolicou a Katolíckou cirkvou na Slovensku.
Mons. František Tondra vyjadril presvedčenie, že podpísanie Zmluvy medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou o katolíckej výchove a vzdelávaní bude prínosom pre slovenskú spoločnosť a aplikovanie jej článkov do praxe prinesie porozumenie a pokoj.
Predseda ERC SR Július Filo v súvislosti s podpísaním Dohody medzi Slovenskou republikou a registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami o náboženskej výchove a vzdelávaní poukázal na skutočnosť, že výchova nie je len záležitosťou rodičov, ale aj štátu a preto ocenil túto „otcovskú ponuku štátu žiakom“, ktorý im podpisom Dohody ponúka možnosť prijímať aj „duchovnú potravu“.
Zmluva i Dohoda upravujú práva cirkví a náboženských spoločností vo vzťahu k cirkevným školám, postavenie cirkevných škôl, vyučovanie náboženstva, postavenie bohosloveckých fakúlt, teologických inštitútov. Zmluva pojednáva aj o Katolíckej univerzite v Ružomberku a umožňuje KBS zriadiť Katolícke pedagogické a katechetické centrum. V oboch právnych dokumentoch sa pojednáva o vysokoškolských pastoračných centrách, ktoré uskutočňujú pastoračnú, duchovnú a vzdelávaciu činnosť členov akademickej obce na vysokých školách.
Náboženstvo sa v súčasnosti vyučuje ako jeden z povinne voliteľných predmetov na druhom stupni základných škôl a v prvom a druhom ročníku stredných škôl. Podľa Zmluvy bude náboženská výchova jedným z povinne voliteľných predmetov aj na prvom stupni základných škôl. Medzi náboženstvom v alternácii s etickou výchovou si budú od nasledujúceho školského roku ako prví vyberať budúcoroční prváci. Katolícke náboženstvo na štátnych i neštátnych školách budú vyučovať osoby odbornou a pedagogickou spôsobilosťou, ktoré budú mať aj cirkevné poverenie, čiže kánonickú misiu, vydanú príslušnou cirkevnou vrchnosťou. Kánonickú misiu je potrebné chápať ako uznanie spôsobilosti na vyučovanie tohto špecifického predmetu.
Obe zmluvné stránky sú v Základnej zmluve deklarované ako dva nezávislé subjekty medzinárodného práva, čo vylučuje úvahy o nadradenosti cirkevného právneho poriadku. Aj Zmluva o katolíckej výchove a vzdelávaní v preambule vychádza z Kódexu kánonického práva a z právneho poriadku Slovenskej republiky. Na súlad s právnym poriadkom Slovenskej republiky sa zmluva explicitne odvoláva takmer v každom paragrafe. Zmluva predpokladá stálu súčinnosť s Ministerstvom školstva SR, zaväzuje sa „svojím obsahom zodpovedať vyučovaniu všeobecnovzdelávacích predmetov a odborných predmetov na štátnych školách príslušného stupňa, druhu a typu“ (čl.1, §5) a rodičom umožňuje pri zápise do školy zapísať ich dieťa aj na katolícke náboženstvo „takým spôsobom, aby ich rozhodnutie nespôsobilo žiadnu diskrimináciu žiaka v oblasti školských činností“ (čl. 2, §2). Základná zmluva i Zmluva o katolíckej výchove a vzdelávaní vychádza zo základnej skutočnosti, že Slovenská republika uznáva prínos činnosti Katolíckej cirkvi pre dobro celej spoločnosti a chce jej zo svojej strany pri tejto činnosti vytvoriť podmienky a do určitej miery ju aj zabezpečiť.
Dohoda medzi Slovenskou republikou a registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami o náboženskej výchove a vzdelávaní je naplnením čl. 12. ods. 2 Zmluvy medzi Slovenskou republikou a registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami z roku 2002, ktorá dáva právo rodičom, iným osobám a zariadeniam vychovávať deti v súlade s vieroučnými a mravoučnými zásadami vlastnej registrovanej cirkvi a náboženskej spoločnosti a uznáva právo na vzdelanie a výkon tohto práva pri náboženskej výchove podľa zásad jednotlivých registrovaných cirkví a náboženských spoločností, ako aj základné práva rodičov a zákonných zástupcov zapísať vlastné alebo zverené deti do školy a školského zariadenia podľa vlastného výberu. V Dohode Slovenská republika zaručuje cirkvám a náboženským spoločnostiam zúčastneným na dohode zriaďovať školy a školské zariadenia v súlade s právnym poriadkom SR. Cirkvi sa v dohode zaväzujú, že vyučovanie všeobecnovzdelávacích a odborných predmetov na cirkevných školách svojím obsahom bude zodpovedať vyučovaniu všeobecnovzdelávacích predmetov a odborných predmetov na štátnych školách príslušného stupňa, druhu a typu. Obe strany dohody sa zaväzujú, že budú spolupracovať v procese prípravy a tvorby výchovno-vzdelávacích programov a v oblasti vzdelávania a výchovy v cirkevných školách. Dohoda ďalej upravuje spôsob náboženskej výchovy na štátnych školách.
